L'environnement marin comprend les écosystèmes du plateau continental et ceux des eaux marines de la Zone Economique Exclusive (ZEE), soit environ 200 000  km². La zone côtière, quant à elle, s’étend sur une superficie de 32 960  Km². Le complexe lagunaire, localisé le long de la moitié orientale de la façade littorale, couvre une surface de près de 1 200 km².

Ces milieux abritent une diversité biologique importante. Ainsi, concernant les milieux côtiers les écosystèmes et les habitats les plus remarquables sont les embouchures des principaux cours d’eau, les lagunes, les mangroves, les habitats de sable sur le littoral, les rochers, le plateau continental, les habitats de sédiments, les eaux marines côtières, les habitats de végétaux marins etc. Les macrophytes marins sont estimés à une trentaine d’espèces. Les invertébrés sont estimés à plus de 400 espèces comprenant principalement les Polychètes, les Mollusques Gastéropodes, les Mollusques Pélécypodes, les Mollusques Céphalopodes et les Crustacés. Les poissons sont estimés à environ 300 espèces. Les mammifères sont dominés par les Cétacés (baleines et dauphin) et les lamantins.  Les reptiles sont réprésentés principalement par : des Crocodiles, des serpents, des varans et des tortures marines. Les oiseaux marins sont estimés à plus d’une vingtaine d’espèces.

Cette diversité biologique marine et côtière subit des pressions d’origine tellurique et marine dont les conséquences sont :

• la destruction des habitats et des espèces de faune et de flore ;

• la perte des fonctions écologiques ;
• l’émiettement des activités humaines dépendant des services écosystémiques.

Il importe d’adopter des mesures tendant à réduire les pressions humaines afin d’assurer la conservation de la diversité biologique.